Semua berkas dalam sistem Linux mempunyai hak akses yang dapat mengizinkan atau mencegah orang lain dari menilik, mengubah atau mengeksekusi. Pengguna super "root" mempunyai kemampuan untuk mengakses setiap berkas dalam sistem. Setiap berkas memiliki pembatasan akses, pembatasan pengguna, dan memiliki asosiasi pemilik/grup.
Setiap berkas dilindungi oleh tiga lapis hak akses berikut ini:
pengguna
berlaku bagi pengguna yang adalah pemilik dari suatu berkas
grup
berlaku bagi grup yang berhubungan dengan suatu berkas
lainnya
berlaku bagi semua pengguna lainnya
Di dalam setiap dari tiga setelan hak izin ada hak izin sesungguhnya. Hak izin, dan cara penggunaannya untuk berkas dan direktori, diuraikan dibawah ini:
baca
berkas dapat ditampilkan/dibuka
isi direktori dari ditampilkan
tulis
berkas dapat disunting atau dihapus
isi direktori dari dimodifikasi
eksekusi
berkas eksekusi dapat dijalankan sebagai program
direktori dapat dimasuki
Untuk menilik dan menyunting hak izin pada berkas dan direktori, buka ->-> dan klik kanan di berkas atau direktori. Kemudian pilih . Info hak izin ada di tab Permissions dan Anda dapat mengubah seluruh level hak izin, apabila Anda adalah pemilik dari berkas tersebut.
Untuk mempelajari lebih lanjut mengenai hak izin berkas di Linux, baca disini.
Sistem berkas Linux dan Unix diorganisir dalam struktur hirarki, seperti pohon. Level tertinggi dari sistem berkas adalah / atau direktori root. Dalam filosofi disain Unix dan Linux, semua dianggap sebagai berkas, termasuk hard disks, partisi dan removable media. Ini berarti bahwa semua berkas dan direktori (termasuk cakram dan partisi lain) ada di bawah direktori root.
Sebagai contoh, /home/jebediah/cheeses.odt menampilkan alur (path) ke berkas cheeses.odt yang ada di dalam direktori jebediah yang mana ada di bawah direktori home, yang berada di bawah direktori root (/).
Di bawah direktori root (/), ada beberapa kumpulan direktori sistem penting yang umum digunakan oleh banyak distribusi Linux lainnya. Di bawah ini adalah daftar dari direktori umum yang berada tepat di bawah direktori root (/) :
/bin - aplikasi biner penting
/boot - lokasi berkas konfigurasi untuk boot.
/dev - berkas peranti (device)
/etc - berkas konfigurasi, skrip startup, dll (etc)...
/home - direktori pangkal (home) untuk pengguna
/lib - libraries yang diperlukan oleh sistem
/lost+found - menyediakan sistem lost+found untuk berkas yang berada dibawah direktori root (/)
/media - mount (memuat) removable media seperti CD-ROM, kamera digital, dll...
/mnt - untuk me-mount sistem berkas
/opt - tempat lokasi untuk menginstal aplikasi tambahan (optional)
/proc - direktori dinamis khusus yang menangani informasi mengenai kondisi sistem, termasuk proses-proses (processes) yang sedang berjalan
/root - direktori pangkal untuk root, diucapkan 'slash-root'
/sbin - sistem biner penting
/sys - mengandung informasi mengenai system
/tmp - berkas sementara (temporary)
/usr - tempat aplikasi dan berkas yang sering digunakan oleh pengguna (users)
/var - berkas variabel seperti log dan database
